KH. Muhammad Thoyyib mendirikan pendidikan tingkat dasar dengan nama Bustanul Ulum al-Islamiyyah sebagai embrio dari berdirinya Pondok Ngabar.

Dua Putra KH. Muhammad Thoyyib, yaitu KH. Ibrahim Thoyyib dan KH. Ahmad Thoyyib memelopori berdirinya TA Al-Manar

Bustanul Ulum al-Islamiyyah berubah nama menjadi MI Mamba'ul Huda al-Islamiyyah

KH. Muhammad Thoyyib mendirikan Madrasah Tsanawiyah bagi lulusan sekolah tingkat dasar. Kepala Sekolah MTs ini adalah M. Fadlil bin Imam Hanafi (hingga tahun 1961).

Pondok Ngabar resmi berdiri pada 4 April 1961 dengan sembilan santri pertama. Sehingga, KH. Muhammad Thoyyib menamakan dengan Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar.

Pondok Ngabar resmi berdiri pada 4 April 1961 dengan sembilan santri pertama. Sehingga, KH. Muhammad Thoyyib menamakan dengan Pondok Pesantren Wali Songo Ngabar.

Pada 1972, Tsanawiyyah lil Mu'allimin berganti menjadi Manahiju Tarbiyatil Mu'allimin/ Mu'allimat al-Islamiyyah dengan tingkat Tsanawiyah dan Aliyah

Pada 1980, Manahiju Tarbiyatil Mu'allimin/ Mu'allimat al-Islamiyyah dengan tingkat Tsanawiyah dan Aliyah berubah nama menjadi Tarbiyatul Mu'allimin/ Mu'allimat al-Islamiyyah

6 Juli 1980, KH. Ibrahim Thoyyib dan KH. Ahmad Thoyyib mewakafkan Pondok Ngabar kepada umat Islam untuk menjaga keberlangsungan pesantren.

Institut Agama Islam Riyadlotul Mujahidin (IAIRM) didirikan pada 7 Dzulhijjah 1408/ 21 Juli 1988, dipimpin oleh KH. Ibrahim Thoyyib sebagai Rektor.

Memasuki usia ke 6 dekade, Pondok Ngabar bertransformasi menjadi pesantren yang semakin mandiri, modern, dan adaptif terhadap perkembangan zaman.